É perfeitamente possível que algum arquivo esteja inchando e consumindo seu espaço. Estou me lembrando de um bug antigo do X-org em que os arquivos de texto usavam todo o espaço em disco disponível para registrar erros ou o que quer que fosse, até que você os desativasse.
Tente executar este comando no terminal:
find / -size +1G -type f -exec du -Sh {} + | sort -rh | head -n 5
Você provavelmente receberá muitos erros de "permissão negada", mas isso deve ser bom. Se um arquivo está ficando fora de controle, suspeito que o arquivo esteja em algum lugar no espaço em que você tenha permissão. Esse comando retornará o tamanho e a localização dos cinco maiores arquivos do seu sistema.
Se esse comando não funcionar devido à sua falta de espaço (acho que será), talvez você tenha mais sucesso fazendo algo como:
find / -size +1G | grep -v find | less
O qual deve encontrar qualquer arquivo no seu computador com mais de 1 gigabyte, filtrar os erros e apresentar os resultados para a análise. Você pode então investigar qualquer arquivo desconhecido.
Se houver um arquivo crescendo descontroladamente, você poderá excluí-lo ou realizar pesquisas adicionais sobre o que é - pode ser um bug ou um log que você pode desativar.