Você pode fazer isso no modo de recuperação.
Inicialize seu computador no modo de recuperação, inicie uma sessão raiz e digite:
mount -o remount,rw /
passwd ubuntu
Ele pedirá que você digite e repita a senha que preferir.
Se vagrant for usuário admin, você não precisará entrar no modo de recuperação. Basta digitar uma sessão de terminal:
sudo passwd ubuntu