Eu tenho o mesmo problema que o seu, mas com o 16.04.2 e removi a pasta ~ / .local / share / gvfs-metadata e ela começou a funcionar novamente.
Estou usando o Ubuntu 14.04. Agora, meu gerenciador de arquivos é fechado em qualquer tecla pressionada para que eu não possa nem fazer nenhuma operação com atalhos como ctrl + c, ctrl + v, etc. Mas, não há nenhum problema quando abro o nautilus com acesso root. Percebi que isso acontece logo após a mudança do tema de Ambiance para Adwaita. Eu tento voltar para o Ambiance. Mas isso não funciona. Existe alguma sugestão de como corrigir isso?
Editar Acabei de descobrir a causa raiz que é falha de segmentação (núcleo despejado). Mas ainda não sei como consertar isso.
Eu tenho o mesmo problema que o seu, mas com o 16.04.2 e removi a pasta ~ / .local / share / gvfs-metadata e ela começou a funcionar novamente.