Thermald estava com bugs nas versões iniciais de 16.04. Atualize para 16.04.2 e deve estar ok.
Thermald vem com um arquivo de configuração padrão em /etc/thermald/thermal-conf.xml que controlará a maioria dos computadores, mas pode precisar ser personalizado para alguns computadores. Veja man thermal-conf.xml para alguns detalhes e exemplos. Depois de modificar o arquivo de configuração, pare thermald e reinicie-o:
sudo service thermald restart
Depois de instalar o thermald, eu paro o processo thermald e o executo manualmente como sudo thermald --no-daemon para observar suas ações em tempo real. Essa informação em tempo real pode ser usada para criar seu próprio arquivo thermal-conf.xml personalizado. Veja man thermald para mais informações.
sudo service thermald stop
sudo thermald --no-daemon --loglevel=debug
Você pode pesquisar por thermald no Ask Ubuntu para ver quais são as respostas anteriores.
Uma boa referência inicial está em link