É uma limitação da Unidade. Resoluções escalonadas em nvidia-settings são escala de software que não altera a resolução física. Assim, a Unity não reconheceu que as dimensões da tela foram alteradas e continuaram sendo renderizadas nas dimensões originais. Unity pode reconhecer a mudança de resolução se você selecionar uma resolução sem escala.
A lista de resolução em u-s-d é diferente da lista nvidia-settings. O u-s-d não suporta resoluções escalonadas.