Com base em sua saída, você está obtendo /bin/activate
não ~/sites/mysite.org/virtualenv/bin/activate
onde o arquivo realmente está.
Se você estiver no diretório ~/sites/mysite.org/virtualenv/
, poderá executá-lo da seguinte forma:
source ./bin/activate
ou
source bin/activate
Note, no entanto, que nos meus exemplos eu não inicio com /
porque isso significaria começar na raiz do sistema de arquivos Linux.