Sempre há algum risco de infecções, vírus, invasões e assim por diante, portanto cuidado e devida diligência sempre estão em ordem.
Dito isto, se você só instalar o software usando o gerenciador de software do Ubuntu, seus riscos de problemas serão bastante baixos. Um pouco mais alto usando o apt-get ou instalando a partir da fonte, mas ainda bem baixo.
E quando um novo ataque ao Linux é descoberto, a palavra se espalha rapidamente e os patches não demoram a chegar.
Além disso, hackers e scammers perseguem alvos grandes, como as plataformas da Microsoft. É bastante raro ver explorações do Linux voando por aí. Ocorrem, geralmente após a exploração ter sido bem conhecida e um patch ter sido criado. A chave para a segurança é manter atualizadas as versões de software (kernel, serviços e aplicativos).
Dito isso, tenha cuidado com os links em que você clica, quais anexos você abre e cuida ao instalar o software que as somas de verificação correspondem e o pacote é confiável.