suas personalizações devem permanecer intactas, a menos que haja uma mudança drástica na área de trabalho. (por exemplo, o KDE indo do plasma 4 para o plasma 5)
Aplicativos de terceiros podem ser removidos se as dependências não puderem ser satisfeitas com o software atualizado. o atualizador de distribuição irá dizer-lhe o que vai remover, leia atentamente a lista. se você tiver os repositórios para o software ativado, ele tentará atualizar o software se as dependências puderem ser atendidas
Eu recomendo os seguintes comandos antes de fazer a atualização para ter certeza de que você tem os pacotes mais novos para sua versão atual:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade
faça upgrade para a versão mais recente