A partir da descrição, assumo que a versão do gparted em questão é v0.25.0-1 . Se isso for verdade, você pode ter encontrado o Bug 779339 - imponha pelo menos 1 MiB "de espaço livre após" .
A solução para o alinhamento do MiB é deixar pelo menos 1 espaço MiB não alocado antes e depois das partições lógicas.