Quando decidimos alterar a interface gráfica (do Ubuntu para o Xubuntu, por exemplo), alguns aplicativos, embora continuem trabalhando na GUI mais nova, estão nativamente vinculados ao ambiente original, portanto podem ficar instáveis depois disso.
Então é o Nautilus. É uma boa prática reinstalá-lo para garantir um melhor desempenho.
sudo apt remove --purge nautilus
sudo apt install nautilus