Eu baixei o arquivo .zip do git hub
Meu md5sum é
ad6674b9797e92264c431f61723e57fb Flashtool-master.zip
Se você baixar do github e pegar o mesmo md5um, então eu diria que o zip do github foi baixado com precisão.
Se você quiser comparar o que você tem, extraia ambos os arquivos e compare-os com o comando diff
diff -r first_extraction second_sxtraction
alterando a primeira e a segunda extração para o local onde você extraiu os arquivos.