teve o mesmo problema, mas consegui que funcionasse quando usei uma versão mais antiga do zero. A partir da versão 456.0.1, o Scratch precisa de uma versão mais recente do Adobe Air, que não está disponível para o linux afaik.
Você pode baixar a versão 455 de link
Essa é a versão mais recente que eu consegui trabalhar, não é possível atualizá-la, por isso é preciso aturar o irritante popup "Uma nova versão do Scratch está disponível" quando você inicia o programa, mas a atualização falha com o mensagem de erro que você denunciou.
Espero que ajude!