Este parece ser um problema específico do Thunar / XFCE, eu consegui acompanhar o problema que está relacionado ao editor de menu e como os aplicativos estão vinculados a ele, em particular "File-Roller". Aparentemente, quando você editar (mudar o ícone ou o nome) do segundo lançador "Archive Manager" no "Menu Editor" e salvá-lo, por algum motivo estranho dissociar "File-Roller" do lançador mencionado e não funcionará mais.
Para corrigir isso, basta excluir o segundo lançador "Gerenciador de arquivamento" e tudo voltará ao normal. Uma vez excluído, você deve poder criar arquivos novamente a partir do menu de contexto do botão direito. Veja as imagens para mais esclarecimentos:
