OK, respondendo a minha própria pergunta, foi um pacote não instalado ...
Eu tentei apt-get install python-setuptools , sem efeito. Então eu tentei apt-get install python3-setuptools , agora ele faz seu cython e tudo está bem.
Talvez você tenha que fazer todos seus comandos de instalação com python3 em vez de simples python .
Existe um apt-get para obter todas as ferramentas em python que eu provavelmente precisarei para desenvolver aplicativos python?