Esse comportamento do meu Xubuntu 16.04 começou há cerca de um mês, talvez um pouco mais. O comportamento do Thunar é normal, isto é, selecionar "mostrar arquivos e pastas ocultos" faz o que é suposto, e desmarcá-los oculta-os.
O problema é quando se tenta abrir um arquivo ou salvar um arquivo em programas como o Firefox, o Leafpad e o Mousepad (editores de texto), o LibreOffice Writer e o Abiword.
A única outra informação que pode ser útil é o fato de que antes do upgrade para 16.04, quando em 14.04, o Thunar (gerenciador de arquivos do Xubuntu) às vezes continuava mostrando pastas e arquivos ocultos mesmo quando a caixa não estava marcada.
Só para ter certeza de que não há confusão, não importa a configuração no thunar para mostrar / ocultar arquivos ocultos, tentar abrir ou salvar um arquivo nos programas listados acima sempre mostra os arquivos ocultos.
Obrigado.
Você tentou right clicking na caixa de seleção de arquivos abertos e desmarcou "Mostrar arquivos ocultos"?
Óbvio talvez, mas a opção "arquivos ocultos" para caixas de seleção de arquivos em aplicativos é diferente da do seu gerenciador de arquivos.