Você já experimentou o Exfat?
É compatível com Windows e OSX e pode ser adicionado ao Linux executando:
sudo apt-get install exfat-fuse exfat-utils
É muito popular em cartões SD, etc.
Outra opção é a UDF, mas nunca usei o link
Eu tenho um disco rígido externo de 2TB que será usado principalmente para fazer o backup de documentos importantes e armazenar arquivos grandes de uma distribuição baseada no Ubuntu.
Eu tive problemas antes com o NTFS, pois um sistema de arquivos com falhas costumava exigir o uso do Windows para corrigi-lo, o que definitivamente me descarta.
Existe um sistema de arquivos que seria adequado para esse uso, sendo ambos interoperáveis (isto é, utilizáveis no OSX, Windows e GNU / Linux) e (idealmente) um padrão aberto ?