Você pode usar o openSSL, que é seguro e altamente seguro.
Para arquivos grandes (mais de 600 MB), você terá que dividir seu arquivo em arquivos pequenos com o comando split
split -b 500M -d -a 4 <large_file> large_file.part.
use openssl smime
para criptografar cada parte
find -maxdepth 1 -type f -name 'large_file.part.*' | sort | xargs -I % openssl smime -encrypt -binary -aes-256-cbc -in % -out %.enc -outform DER PUBLIC_PEM_FILE
Para descriptografar o arquivo, você terá que refazer na ordem inversa
find -maxdepth 1 -type f -name 'large_file.part.*.enc' | sort | xargs -I % openssl smime -decrypt -in % -binary -inform DEM -inkey PRIVATE_PEM_FILE -out %.dec
find -maxdepth 1 -type f -name 'large_file.part.*.dec' | sort | xargs cat > restored_large_file