Recebendo conselhos do fórum da comunidade OpenCV ( postar ).
Adicione isto às opções do CMake:
-D WITH_VTK=OFF -D BUILD_opencv_viz=OFF
"opencv_viz é o único módulo opencv, que depende do vtk, e você não pode usá-lo a partir do python"
Portanto, não há problema em desabilitá-lo e, depois disso, o CMake é concluído.