Se você os definir como "não use partição", eles não serão tocados.
Se bem me lembro, você ainda pode selecionar um ponto de montagem para eles, de modo que uma linha para cada um seja adicionada ao arquivo fstab (dessa forma eles serão montados automaticamente, por exemplo, set mount points para / myfiles1, / myfiles2) .
De qualquer forma, antes de você instalar o Ubuntu, eu sugiro que você faça um backup do seu disco, se isso não for possível, pelo menos faça o backup da instalação do Widows, você nunca sabe quando e se vai precisar.