Para qualquer outra pessoa experimentando isso: você pode tentar alterar o atalho para alternar entre layouts de teclado ou desativá-lo completamente. Para fazer isso: vá para Configurações do sistema → Entrada de texto e altere o atalho para "Mudar para próxima usando" para outra coisa. Desabilitar isso é feito pressionando Backspace.
Eu tive um problema semelhante ao que o OP está descrevendo e isso estava me deixando louco. Acontece que eu tinha o atalho definido para as duas teclas Shift, o que, por alguma estranha razão, fez o Blender pensar que eu estava pressionando a tecla Alt algumas vezes enquanto eu não estava. Também testei outros ambientes de desktop e parece que o Unity é o único em que isso acontece.
Isso pode ou não funcionar no caso do OP, mas vale a pena tentar. Se o problema ainda persistir, sugiro inicializar de um CD ao vivo e testar se o problema está lá. Isso confirmaria se é algo relacionado ao seu hardware ou simplesmente algum programa de terceiros que interfere no Blender.