Ambas as opções (41.1kHz, 48kHz) têm vantagens e desvantagens, então o melhor depende de você ou depende de outras necessidades. A regra de ouro: quanto maior a freqüência da amostra, melhor é a qualidade do som (embora eu ache que apenas um ouvido treinado possa resolver a diferença). Por outro lado, uma freqüência de amostragem maior levará a arquivos de áudio maiores no caso de você executar registros. Este é um ponto relevante em relação ao seu dispositivo de entrada (microfone). Mas você pode precisar do sinal do microfone como entrada para um aplicativo e o sinal deve corresponder aos requisitos do aplicativo.
Se usarmos a mesma frequência de amostragem para o dispositivo de entrada e saída, evitamos a conversão de 41,1 kHz para 48 kHz ou vice-versa. Isso usará menos recursos. Se as configurações forem diferentes, funcionará, mas usará um pouco mais de recursos.