Eu também tenho um sistema de vários monitores e tive um problema semelhante, no qual o dock aparece na parte superior da tela (definido para a parte inferior da tela principal), mas aparentemente não responde ao mouse ou aos cliques do mouse. Depois de algum esforço, percebi que meu mouse pode ativar o dock, mas não pairando sobre o local onde o dock parece estar, mas em um local em uma das minhas outras telas! Depois de alguma experimentação, descobri que posso entrar no menu de configuração do Dock do Cairo clicando com o botão direito em outro local em posições ligeiramente diferentes (geralmente tenho que clicar com o botão direito em um espaço entre os aplicativos encaixados para fazer isso) até aparecer o menu de configuração do Cairo. De lá eu usei o plugin de posição para mudar a posição do dock longe da borda da tela e isso resolveu o problema para mim. Estou usando uma placa NVIDIA e drivers proprietários com quatro telas e Compiz no Ubuntu 16.04 Unity.