Eu tive o mesmo problema e tive que encontrar os botões corretos por tentativa e erro (cfr. este post do meu blog para toda a história). Foi a única solução que encontrei.
Arquivei um relatório de bug relacionado a essa questão aqui: # 274 Teclados / modificadores Azerty tratados como ( estranho) QWERTY no Sourceforge. Como mencionado, possivelmente esse problema foi corrigido na versão xsetwacom 0.29 (não testamos isso).