Isso aconteceu para mim agora no Ubuntu Mate, e depois de um pouco de pesquisa eu encontrei uma solução para outra distro, mas que eu também poderia adaptar à minha distro.
O programa "synaptic-pkexec" é apenas um script que inicia o synaptic usando "pkexec". "pkexec" lança um diálogo para pedir sua senha, mas ao invés de apenas ler / etc / sudoers (como sudo) ele usa o PolicyKit que usa um "agente de autenticação" que precisa estar rodando em segundo plano.
Aparentemente, o agente de autenticação não estava em execução porque, de alguma forma, eu consegui desmarcar o PolicyKit Authentication Agent da minha lista de Startup Applications . (não que um agente / daemon esteja entre os aplicativos ...) Eu verifiquei no Startup Applications Preferences, desconectei e voltei a entrar e agora "synaptic-pkexec" e outros programas de administração funcionam.