Inicialize com um LiveUSB e fsck na partição raiz da sua instalação do Ubuntu.
Você pode verificar as partições examinando o arquivo /etc/fstab .
$ sudo blkid
Execute este comando, substituindo sdXY pela partição encontrada no comando acima.
$ sudo fsck -y /dev/sdXY
Após a verificação ser executada sem erros, reinicie normalmente.
O acima irá garantir a integridade da sua partição do sistema operacional. Além disso, e muito comum, você pode ter que reinstalar o Grub usando as etapas fornecidas nesta resposta: na partição removeu a opção do Ubuntu