Isso acontece quando o atualizador de software executa uma atualização do kernel OU, caso contrário, é necessário que novos arquivos do GRUB sejam instalados.
Quando a atualização do kernel é processada, o Ubuntu mostrará "atualizando o GRUB ..." Descobri que isso limpa totalmente o rEFInd ... Assim como uma atualização definitiva do GRUB ou uma atualização no nível do sistema do MacOS.
Então, você precisará fazer duas coisas ... Primeiro, certifique-se de que o csiutils esteja desativado no MacOS ... Se você não fez atualizações no MacOS desde o uso do rEFInd, é muito provável que ele ainda esteja "desativado". Mas, se não, você precisará inicializar no "modo de recuperação", executar um terminal a partir do menu superior e digitar csrutils disable ... Em seguida, reinicialize normalmente no MacOS para reinstalar o rEFInd.
Uma vez lá, você precisará abrir um terminal BASH no MacOS - com o seu pen drive USB inserido. E reinstale o rEFInd. Ele irá detectar novamente tudo e até mesmo adicionar as novas informações do kernel às opções de inicialização do Ubuntu.
Para fazer isso, no terminal BASH, mude para o diretório onde o rEFInd USB está montado (geralmente no do usuário (ou similar, dependendo da versão do MacOS e outros fatores que eu nunca percebi)
uma vez lá, digite ls para ver os arquivos. Você deve ver "refind-install" OU, dependendo da sua versão do rEFInd, você pode ver "install.sh". (geralmente o primeiro)
No prompt do terminal, insira ./refind-install Ou ./install.sh Isso iniciará a instalação e restaurará as opções de inicialização. Você terá que estar no modo "root". Então, ele pedirá sua senha antes de prosseguir. Descobri que, às vezes, um espaço principal é necessário para que a diretiva "./ funcione no BASH Terminal do MacOS. Nas versões anteriores, como a anterior versão 10.9 OSX, isso não parece importar.
Depois de concluído, insira reboot e deixe-o percorrer uma nova inicialização na qual você deverá ver a tela familiar do carregador de inicialização rEFInd.
Digno de nota é o fato de que, se você SEMPRE 1) atualizar o GRUB, 2) Fazer uma atualização do SO no MacOS, ou 3) Redefinir sua PRAM [ctrl-opt-PR durante a inicialização ] você perderá o rEFInd novamente. Eu tive que fazer isso muitas vezes com meus híbridos MacOS / Ubuntu. Então, mantenha esse pendrive à mão. Não será a última vez que você precisará.
Eu realmente espero que você ache essa resposta útil.