Eu estou atrasado aqui? O pdftk tem uma opção updateinfo que mescla metadados no documento. Eu uso essa opção para gerar links TOC para a saída pdf do gnuplot. você precisa gerar um documento de texto como:
Bookmarks.txt
BookmarkBegin
BookmarkTitle: Bookmark Title
BookmarkLevel: 1
BookmarkPageNumber: PageNumber
e depois:
pdftk Mypdf.pdf update_info Bookmark.txt saída bookmark_Mypdf.pdf
Você terá que encontrar a maneira de automatizar o procedimento. Com certeza há uma maneira de fazer isso no gui, mas eu não conheço nenhum.
espero que isso ajude.