A instalação de um sistema não tocará nessas teclas. Desde que você mantenha o conteúdo de todo o seu diretório pessoal, suas chaves públicas e privadas SSH em ~/.ssh provavelmente não serão substituídas pelo servidor. Dito isto, você deve se certificar de que você mantenha um backup destes de qualquer maneira.
Fazer o backup deste diretório (ou seu conteúdo) e, em seguida, colocá-los de volta após uma nova reinstalação também funcionará - ele usará essa chave e não gerará uma nova. (É por isso que você mantém backups de dados críticos, como chaves SSH, em um local seguro; observe que você precisa de id_rsa e id_rsa.pub , sendo um deles a chave privada e o outro como chave pública para que a autenticação de chave funcione. com estas chaves).