Eu tive um problema semelhante com o meu HP Elitebook 8530w, que usa uma placa gráfica NVidia Quadra. Eu uso os drivers NVidia recomendados no Ubuntu 12.04.
Em Aplicativos > Ferramentas do sistema > Configurações do sistema > Exibir ele não detectará minha exibição secundária.
No entanto, quando vou para Aplicativos > Ferramentas do sistema > Administração , há a opção Configurações do Nvidia X Server. Aqui eu posso selecionar outro monitor que está sendo detectado corretamente e eu posso usar imediatamente o meu monitor secundário.