Não. Você não deve desabilitar essa verificação ou a limitação. Isso não impedirá que o computador seja desligado. Ele continuará fazendo isso. Throttling é sua última linha de defesa, mas no seu caso parece que não é suficiente. Você tem que parar o seu computador de superaquecimento.
O som que seu fã está fazendo provavelmente vem do seu motor. Está girando, mas não está girando as lâminas. Tenho quase certeza de que seu fã não está funcionando ou está trabalhando a uma velocidade muito baixa, o que não é suficiente.