O comando dd if=/dev/zero of=/dev/sda2 (precisa ser executado como root ou com sudo ) apenas sobrescreve a partição /dev/sda2 completa com zero bytes, nada mais.
Não afetará outras partições nem a tabela de partições.
Somente se você tiver um SSD, você não deve fazer isso, porque as células de memória de um SSD se desgastam substituindo-as e porque um endereço de bloco de software não corresponde a uma célula de memória de hardware fixa. Isso significa que você não pode sobrescrever uma célula de memória específica de qualquer maneira.