Aqui está a posição 'oficial' sobre a recuperação de dados de um arquivo gz danificado: link
O Gzrecover (gZip Recovery Toolkit) foi projetado para tentar recuperar dados. Resultados variam. Também, por favor, observe o aviso:
ATENÇÃO !!!! 99% dos arquivos gzip "corrompidos" são causados pela transferência o arquivo via FTP no modo ASCII em vez do modo binário. Por favor, transfira novamente o arquivo no modo correto primeiro antes de tentar recuperar de um arquivo você acredita estar corrompido.