Com a ferramenta WinSCP , você pode copiá-lo para a sua máquina Windows. Pode ser um pouco lento embora.
Para criar apenas um arquivo grande que aumentaria drasticamente a velocidade, você precisaria apenas criar um arquivo tar.gz dos arquivos que deseja transportar.
tar -czf backup.tar.gz /path/to/file /path/to/file ....
Conecte-se ao WinSCP e copie-o para sua unidade local.
Você também pode preservar as permissões com -p
etc. Se quiser mais informações, consulte o manual de tar com man tar
.