Você precisa habilitá-lo para ser executável. Você pode fazer isso uma vez no terminal dando a ele por exemplo 755
permissões por
chmod 755 /path/javafile.jar
ou
chmod +x /path/javafile.jar
O mesmo que você pode fazer na GUI, abra as propriedades do arquivo, alterne para a guia de permissão e defina a marca de verificação, conforme mostrado na captura de tela.