Sugiro evitar o 'gerenciador de atualização normal' (WTI) e usar o CLI, o que permitirá controlar isso.
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
ou possivelmente
$ sudo synaptic
Quando uma GUI automática e sem cérebro é consistentemente algo que você não quer, use suas habilidades com o Linux e não se comporte como se tivesse um Macintosh.