Uma solução mais elegante é usar o segmento muxer :
ffmpeg -i input -c copy -f segment -segment_time 40 output_%03d.mp3
Resulta em aproximadamente 40 segundos segmentos:
$ ls -m1
output_000.mp3
output_001.mp3
...
output_010.mp3
O exemplo evita a recodificação usando o modo copiar cópia e pressupõe que os formatos de entrada e saída sejam os mesmo (MP3 neste exemplo).