Defina seu nível de prevenção de foco
Primeiro instale o ccsm: (se você já tem, ignore este passo)
sudo apt install compizconfig-settings-manager
... depois abra-o. Você pode fazer isso a partir do terminal:
ccsm
... ou da GUI; basta procurar por ccsm ou compiz config no Dash Home.
Agora navegue até General Options
> Focus & Raise Behaviour
e defina Focus Prevention Level
para Normal
ou mesmo High
se o problema persistir. Feche o Gerenciador de Configuração do Compiz e esteja pronto.