Sim, você pode instalá-los lado a lado. Haverá uma opção para selecionar uma área de trabalho no login. No entanto, o Ubuntu 16.04 fornece apenas o Plasma 5.5, não o 5.6, então você precisaria ativar os Kubuntu Backports PPA.
Se você quer apenas o desktop, e não qualquer um dos aplicativos, o pacote kubuntu-desktop irá instalar tudo o que você precisa. Se você quer essencialmente um sistema Kubuntu, instale o kubuntu-full.