Não sei se o MATE deve ser diferente a esse respeito, mas no Unity esse comando de terminal pode ser usado para definir o método de entrada:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
O número 0 (zero) significa que você define o primeiro método de entrada disponível. Altere para 1 para definir o segundo, etc.
Talvez valha a pena tentar em seu desktop MATE.
Editar:
Instalou o MATE por curiosidade e viu que é diferente. Adicionado um layout de teclado adicional via Sistema - > Preferências - > Hardware - > Teclado - > Layouts e encontrou o mesmo problema primeiro. No entanto, depois de ter jogado por um tempo, eu consegui mudar o layout do teclado. Então talvez apenas relogar ou reiniciar ...