Um passo bastante fácil e simples pode ser uma solução:
O limite de tempo de execução precisa ser definido como 0
no arquivo config.default.php
. Que parece com $cfg['ExecTimeLimit'] = 300;
Faça isso para
$cfg['ExecTimeLimit'] = 0;
A localização desse arquivo deveria estar em /usr/share/phpmyadmin/libraries
Espero que isso ajude.