Na maior parte, não importa em quais discos rígidos você coloca sistemas operacionais.
Ao inicializar duas ou mais distribuições Linux, a principal coisa a lembrar é que, se as distribuições usarem instalações diferentes do GRUB, somente o GRUB na primeira partição da unidade inicializada será executado. Como a configuração do GRUB é geralmente atualizada a partir da distro que o instalou, toda vez que houver uma atualização do kernel na outra distro, você terá que inicializar no primeiro e executar sudo update-grub .