Primeiro você realmente não deve estar executando o vinho como root, é um risco de segurança para fazê-lo, veja A instalação do Wine no Ubuntu é segura? e Riscos / Desvantagens associados ao Wine e links.
Portanto, ~/.wine deve pertencer ao seu usuário e você pode modificar o arquivo em ~ / .wine sem executar como root ou usando o gksu
Em segundo lugar, o gksu é depreciado, veja Quando usar pkexec vs. gksu / gksudo? e O que é a diferença entre "gksudo nautilus" e "sudo nautilus"? para alguma discussão.
O "problema" que você está tendo é que o gksu está configurando $HOME como / root e, portanto, você está editando o /root/.wine em vez do seu /home/$USER/.wine.
Os links acima revisam isso como link , especificamente link
Veja também Qual é a diferença entre gksudo e gksu?