Instale a ferramenta Compiz:
% bl0ck_qu0te%Encontre no traço Unity digitando:
% bl0ck_qu0te%e abra-o.
Encontre as opções "Colocação da janela" abaixo. Jogue com opções, mas, tanto quanto me lembro, você pode ativar algo como "Janela de lugar na janela ativa do cursor".
Além disso, pode fazer com que o Unity se lembre da posição da janela anterior, de modo que também seria útil.