Eu não acredito que você tenha quebrado nada. Quem se importa se os arquivos não são exibidos. Você encontrou uma boa maneira de ocultar um arquivo. :)
Caso contrário, nomes de arquivos ocultos são aqueles com o ponto no início (por exemplo .bashrc).
Você pode simplesmente excluir o arquivo com rm ./\\.sh e não haverá nenhum rastro de seu pequeno experimento.