Não, eles não vão.
Na verdade, você não terá nenhuma interface gráfica (se estiver, estará no modo Low Graphics) até desinstalar os drivers.
A AMD está supostamente trabalhando em um novo driver para o 16.04 chamado amdgpu. Até que isso saia, no entanto, 16.04 está preso com drivers de código aberto para placas AMD, a menos que você esteja disposto a experimentar o beta:
Eu recomendo que você fique com código aberto ou faça downgrade até que o driver esteja estável, mas você pode sempre tentar.