A maneira usual de instalar em uma unidade externa é colocar o grub nessa unidade também e alterar a ordem de inicialização na BIOS para inicializar a unidade (USB) antes do disco rígido interno. Dessa forma, nada precisa ser gravado no disco rígido interno e, sem a unidade externa, a inicialização interna (do Windows) acontece. legacy permite apenas um bootloader, que é iniciado a partir do Master Boot Block, e sim, em um disco, o bootloader do Windows será substituído. Mas em um sistema de dois discos, isso não deve acontecer se você especificar o local para o carregador de inicialização como o disco externo (mas você pode ter executado a instalação com o local apontando para o disco interno). Como você pode executar o Ubuntu, instale o grub no disco externo agora (antes de substituir o grub no disco interno pelo bootloader do Windows).
Há muitas respostas sobre como substituir o gerenciador de inicialização do Windows - se você tiver a mídia de instalação do Windows (e não o lixo de recuperação do fornecedor). Sem isso, é possível se você tiver uma partição FAT no disco interno para apenas instalar os arquivos grub lá. Você cria um diretório "boot" e dá ao grub-install como o diretório --boot. Você tem que mostrar que o grub pode inicializar suas janelas para que seja suficiente.
UEFI em máquinas mais novas (e meu Thinkpad W520 permite uma escolha na BIOS, então presumo que seu T540 também) permite vários gerenciadores de inicialização. Maravilhoso, nada deve ser sobrescrito, mas a instalação do Ubuntu ignora o local do bootloader e apenas coloca os bootloaders do ubuntu na partição EFI do disco interno, junto com os bootloaders do Windows. Bem, você precisa de um particion EFI no disco externo, copiar os arquivos EFI do disco interno, então como o disco externo é "removível", existe um bootloader padrão que é usado e provavelmente não está configurado corretamente, então copie os arquivos em / EFI / ubuntu para / EFI / Boot e renomeie o shimx64.efi para bootx64.efi. A outra coisa pode ser uma alteração dos caminhos de inicialização internos, mas isso pode ser redefinido com o efibootmgr, e você pode nem estar usando o UEFI de qualquer maneira.