Opção 1:
Você é capaz de pelo menos abrir o aplicativo do terminal? Nesse caso, você deve poder reabrir as preferências do terminal e desabilitar o "Executar um comando personalizado". O que acontece se você abrir o terminal? Você recebe uma mensagem de erro?
Opção 2:
A solução simples para esse problema seria redefinir as preferências e os perfis do aplicativo do terminal. Você pode fazer isso pressionando CTRL + ALT + F1 ... Depois de ter feito isso digite seu nome de usuário e sua senha no prompt. Então, quando você vir o shell, digite gconftool --recursive-unset /apps/gnome-terminal (e pressione enter).