Você pode usar o modo de passagem de cpio com a opção -d para esse trabalho:
cpio -p -d DESTINATION < FILELIST
Isso criará uma cópia de toda a estrutura de diretório especificada em FILELIST (relativo ao diretório de trabalho atual) abaixo de DESTINATION . Com o seu exemplo, você terá DESTINATION/app/code/community/Company/Module/Block/Adminhtml/BlockAlias.php etc.