Você pode usar o modo de passagem de cpio
com a opção -d
para esse trabalho:
cpio -p -d DESTINATION < FILELIST
Isso criará uma cópia de toda a estrutura de diretório especificada em FILELIST
(relativo ao diretório de trabalho atual) abaixo de DESTINATION
. Com o seu exemplo, você terá DESTINATION/app/code/community/Company/Module/Block/Adminhtml/BlockAlias.php
etc.