Para alternar entre monitores, eu uso xrandr . Um bom GUI para o xrandr é o ARandR, que também está no repositório. Um exemplo de comando xrandr ficaria assim:
xrandr --output DisplayPort-1 --off --output DisplayPort-0 --off --output DVI-0 --mode 1920x1080 --pos 0x0 --rotate normal --output HDMI-0 --off
Nesse caso, eu usaria somente a porta DVI-0 para exibir minha área de trabalho. Ajuste este comando para atender às suas necessidades. Em seguida, coloque-o em um arquivo .sh, chmod + xe verifique se ele será executado na inicialização.
Note que o ARandR tem uma opção para exportar a configuração atual para um skript, o que pode ser muito útil.