Eu assumo que com "eu adicionei todos os repositórios mais comuns em 15.10" você quer dizer repositórios de terceiros como os PPAs? Repositórios são específicos para diferentes versões do Ubuntu. Por exemplo, o (escolhido arbitrariamente) Cinnamon Nightly PPA está disponível para versões do Ubuntu de Trusty para Yakkety. Cada um desses lançamentos recebe um conjunto diferente de pacotes do PPA.
Por causa disso, os repositórios de terceiros são rotineiramente desativados no processo de atualização (quando você muda de uma versão do Ubuntu para outra). Após a atualização, você pode pesquisar seus repositórios de terceiros. Alguns você pode simplesmente mudar para o novo lançamento do Ubuntu que você está usando (por exemplo, de "astuto" para "xenial"), porque o mantenedor do repositório também oferece o repositório para essa versão. Alguns repos podem ter se tornado obsoletos, porque os pacotes para os quais você adicionou o repo agora fazem parte do lançamento principal do Ubuntu. Alguns repositórios não estão disponíveis para o lançamento do Ubuntu que você está executando agora, então você não pode usá-los mais.